Chương trình kép: Trường có các thỏa thuận về các khóa học kép với Học viện Công nghệ Florida, Trường Đại học Trung tâm Florida và Trường Cao đẳng Cộng đồng Brevard. Thông qua các trường đại học này học sinh có ưu thế trong việc đăng ký các khóa học cao đẳng mà thường không có trong các chương trình giảng dạy phổ thông trung học. Việc đăng ký này phải được Ủy ban các Vấn đề Học thuật phê duyệt.
Hỗ trợ Học sinh Quốc tế: Trường Holy Trinity Episcopal Academy có tổ chức các khóa dạy và học tiếng Anh như ngôn ngữ thứ hai (ESL) dành cho học sinh quốc tế bên cạnh chương trình giảng dạy thông thường.
Luân văn cuối cấp: Học sinh năm cuối được lựa chọn có thể ghi danh học một khóa độc lập/tự học được xây dựng cùng với một cố vấn có năng lực. Chương trình viết luận văn bao gồm việc nghiên cứu sâu, và việc phát triển một chủ đề được chọn, được đúc kết lại bằng văn bản và thuyết trình có minh họa.

Các chương trình có chứng chỉ:
Chương trình STEAM (Khoa học, Công nghệ, Kỹ thuật, Toán, Nghệ thuật): Chương trình STEAM tạo cơ hội cho học sinh nhận biết về các thiên hướng nghệ thuật và các môn khoa học khi chuẩn bị tốt nghiệp. Học sinh có thể lựa chọn các khóa học phù hợp từ một loạt các khóa học của liên ngành học khoa học và nghệ thuật, tham gia các hoạt động ngoại khóa bổ trợ cho việc học tập chính cũng như tiến hành dự án nghiên cứu của riêng mình trong một lĩnh vực có liên quan với STEAM. Học sinh có thể làm hồ sơ xin học chương trình Chứng chỉ STEAM vào mùa hè trước khi bước vào năm thứ nhất.
Công dân Toàn cầu: Trường Holy Trinity có chương trình Chứng chỉ Tập trung Chuyên sâu cho Công dân Toàn cầu gồm nhiều ngành học thuật cho các học sinh trung học phổ thông là những người quan tâm đến các vấn đề mang tính toàn cầu ở góc độ nhân văn. Những học sinh tham gia chương trình này có thể chọn các lớp học từ một loạt các khóa học có sẵn, tham gia chương trình đào tạo các lãnh đạo thông qua một tổ chức bên ngoài, học ở nước ngoài và tham dự các đợt thực tập trong các lĩnh vực liên quan.
Chương trình nâng cao A.P. Capstone: Chương trình nâng cao AP Capstone là một chương trình có tính chất đổi mới, sáng kiến của Cơ quan giám sát kỳ thi SAT (College Board) được trang bị cho học sinh bằng các nghiên cứu độc lập, phối hợp làm việc theo nhóm, và các kỹ năng giao tiếp mà ngày càng được các trường cao đẳng, đại học đánh giá cao.

Trường Holy Trinity được công nhận bởi Hội đồng Các trường Tư thục tiểu bang Florida và Hiệp hội Miền Nam các Trường Cao đẳng và Phổ thông. Trường Holy Trinity cũng là thành viên chính thức của Hiệp hội Quốc gia Các Trường Tư thục độc lập (NAIS).

Câu lạc bộ nổi trội: Đội tuyển bóng rổ của Holy Trinity đã gặt hái thành công ấn tượng trong những năm qua. Đội dành được 3 danh hiệu cấp quận, 2 giải vô địch khu vực và vừa dành giải Á quân toàn bang vào năm 2016. Đội tuyển trung bình thắng 20 trận mỗi mùa thi đấu. Các trận đấu cấp đại học được diễn ra phổ biến ở khu thể thao của trường và khán giả có thể chứng kiến các tài năng thể hiện năng lực của họ trên sân bóng. Trong chương trình bóng rổ nam, Holy Trinitry có các đội tuyển ở 3 cấp, cấp đại học, cấp trung đại học và
câp trung học. Các huấn luyện viên là những bật thầy tài năng, họ đã nuôi dưỡng và huấn luyện các cầu thủ để luôn thể hiện xuất sắc. Đây là chương trình tuyệt vời và được xếp hạng trong nhóm 10 chương trình dẫn đầu khóa 4A/5A của bang Florida trong suốt 4 mùa vừa qua.

Chương trình Bóng rổ của Trinity đang tiếp tục phát triển theo từng mùa. Đội tuyển đạt được giải vô địch quận vào năm 2015. Holy Trinity trao cho các đội cơ hội tham gia các giải đấu cấp đại học, cấp trung đại học và trung học. Những mùa giải vừa qua, các cầu thủ đội tuyển bóng rổ đã nhận được các cơ hội tiếp tục sự nghiệp bóng rổ của mình tại các trường đại học. Các cầu thủ bóng rổ tốt nghiệp từ Holy Trinity được nhận vào các trường đại học University of Miami, the United States Merchant Marine Academy, and Florida Institute
of Technology. Chương trình này vẫn đang được xây dựng và sẽ tiếp tục thành công.